| Spieler | VfL-Top-Elf | Position | Einsätze | Tore | |
|---|---|---|---|---|---|
 | Stefan Effenberg | Mittelfeld | 19 | 3 | |
 | Alexander Esswein | Angriff | 8 | 0 | |
 | Sergej Evljuskin | Mittelfeld | 0 | 0 | |
 | Willi Evseev | Mittelfeld | 3 | 0 | |
 | Fagner | Abwehr | 26 | 0 | |
 | Simon Fahner | Mittelfeld | 0 | 0 | |
 | Markus Feldhoff | Angriff | 20 | 3 | |
 | Karsten Fischer | Mittelfeld | 20 | 0 | |
 | Maik Franz | Abwehr | 91 | 2 | |
 | Arne Friedrich | Abwehr | 15 | 0 | |
 | Christian Gentner | Mittelfeld | 99 | 11 | |
 | Yannick Gerhardt | Mittelfeld | 27 | 0 | |
 | Akaki Gogia | Mittelfeld | 0 | 0 | |
 | Mario Gomez | Angriff | 33 | 16 | |
 | Grafite | Angriff | 107 | 59 |
